Ultron retorna após seu aparente desaparecimento e busca vingança contra os Vingadores. Os Vingadores devem derrotá-lo, assim como novas ameaças, como os Mestres do Terror, do Barão Zemo e Kang, o Conquistador. Visão, Pantera Negra, Capitã Marvel e Ms. Marvel também aparecerão nesta temporada. O enredo é esperado para configurar uma adaptação de Guerra Civil.[1] A terceira temporada estreou na Disney XD em 13 de março de 2016.