A primeira metade da temporada a equipe lida de frente com Thanos, com ele a caça das Joias do infinito. A segunda metade detalha o retorno de Ultron e seus planos para exterminar a raça humana. Há também uma subtrama detalhando a chegada do Esquadrão Supremo. Os dois últimos episódios detalham a fuga de Thanos pela Ordem Negra e seu ataque à Terra.