Passaram-se três anos desde o dia 2 e o incidente com a bomba nuclear. Jack Bauer agora é o Diretor de Operações de Campo e está lamentavelmente viciado em heroína, enquanto Tony Almeida é o Diretor da UCT de LA. Michelle Dessler subiu de cargo, agora casada com Tony, é a segunda no comando. Kim Bauer agora trabalha na UCT, onde poderá ser vigiada de perto por Jack. Ela agora é namorada de Chase Edmunds, agente de campo e parceiro de Jack. David Palmer cumpre seu último ano de mandato, e no dia em que iria combater seu adversário nas eleições, o senador John Keeler em um debate em rede nacional, uma ameaça a segurança dos E.U.A. cresce. Um vírus modificado e letal, o vírus Cordilla, aparentemente se encontra em posse dos Irmãos Salazar, Ramón e Hector, que tem íntimas relações com atividades e grupos terroristas. O objetivo da UCT agora é impedir que este vírus permaneça no mercado ou caia em mãos erradas.